Εκκλησίας μελετούν τις διατάξεις του μεσοπρόθεσμου προγράμματος και αναζητούν εκείνες που πιθανόν να τους αφορούν, κυρίως σε σχέση με την εκκλησιαστική περιουσία και τη μισθοδοσία των κληρικών. Σύμφωνα με πληροφορίες, τόσο ο αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος όσο και τα μέλη της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου θα έχουν τη δυνατότητα να ενημερωθούν για τα θέματα αυτά από τον κ. Βενιζέλο.
Το αίτημα του κ. Βενιζέλου για συνάντηση συνδέθηκε με τα ζητήματα του μεσοπρόθεσμου σχεδίου, που ήδη ψηφίστηκε. Βασικό πονοκέφαλο σε εκκλησιαστικούς κύκλους προκαλεί μία διάταξη που αναφέρει ότι αμφισβητούμενη περιουσία Nομικών Προσώπων Δημοσίου Δικαίου μπορεί να εκποιηθεί. Να σημειωθεί ότι ΝΠΔΔ είναι και η Εκκλησία, οι μητροπόλεις και οι ναοί. Από την άλλη, η Εκκλησία επιδιώκει την αναστολή της απόφασης της Τραπέζης της Ελλάδος, που ζητεί την εφαρμογή του N. 1611/1950, όπου προβλέπεται ότι όλα τα ΝΠΔΔ οφείλουν να καταθέσουν τα χρηματικά τους διαθέσιμα σε ειδικό λογαριασμό της ΤτΕ, προκειμένου η ίδια να έχει τη δυνατότητα της αποκλειστικής διαχείρισής τους.
Επίσης, φόβοι εκφράζονται από την πλευρά της Εκκλησίας και για το θέμα της μισθοδοσίας των κληρικών και ειδικότερα για τη μείωση της κρατικής δαπάνης για τους μισθούς του κλήρου, αλλά και για το «πάγωμα» των προσλήψεων νέων κληρικών τα επόμενα χρόνια
